Sống hoàn toàn trên cạn nên phổi là cơ quan hô hấp duy nhất của thằn lằn. So với phổi ếch, phổi thằn lằn có cấu tạo phức tạp hơn, có nhiều vách ngăn và nhiều mao mạch bao quanh.

Sự thông khí ở phổi (hít, thở) là nhờ sự xuất hiện của các cơ liên sườn. Khi các cơ này co đã làm thay đổi thể tích cùa lồng ngực.

Cấu tạo của hệ tuần hoàn và hô hấp như vây phù hợp hơn với hoạt động đòi hỏi cung cấp nhiều năng lượng khi di chuyển trên cạn, nhưng còn chưa hoàn thiện nên thằn lằn vẫn là động vật biến nhiệt.