Sau khi cuộc phản công tại kinh thành Huế thất bại, Tôn Thất Thuyết đã đưa vua Hàm Nghi ra khỏi Hoàng thành, rồi chạy ra sơn phòng Tân Sở (Quảng Trị).

Ngày 13-7-1885, Tôn Thất Thuyết lấy danh vua Hàm Nghi xuống chiếu Cần Vương. Chiếu Cần Vương nhanh chóng thổi bùng ngọn lửa yêu nước trong nhân dân, thành một phong trào vũ trang chống Pháp sôi nổi, liên tục kéo dài trong hơn 10 năm mới chấm dứt.
Diễn biến của phong trào Cần Vương

*Giai đoạn I (1885 – 1888): Phong trào bùng nổ trên khắp cả nước

Hưởng ứng lời kêu gọi chiếu Cần Vương, nhiều văn thân, sĩ phu và nhân dân yêu nước đứng lên, tập hợp các nghĩa binh, xây dựng căn cứ khởi nghĩa. Họ đấu tranh mạnh mẽ quyết liệt trước thực dân Pháp cùng bè lũ tay sai trên các địa bàn rộng lớn thuộc Bắc và Trung Kì. Nhiều tướng lĩnh đã tham gia chỉ huy như Phan Đình Phùng, Trần Xuân Soạn, Phàm Bành,

Triều đình Hàm Nghi với sự phò tá trợ giúp của Tôn Thất Đàm và Tôn Thất Nghiệp (là hai người con của Tôn Thất Thuyết). Dưới sự đàn áp của thực dân Pháp, vua Hàm Nghi phải rút lui và chiến đấu ở vùng núi Quảng Bình, sau đó lui về Ấu Sơn (Hà Tĩnh).

Tháng 6/1886, Triều đình Đồng Khánh của thực dân Pháp theo lệnh toàn quyền Pháp xuống dụ kêu hàng. Thế nhưng, không ai trong triều đình Hàm Nghi chịu đầu hàng buông súng.

Trong giai đoạn này, các cuộc đấu tranh chỉ dừng lại ở phạm vi nhất định, còn riêng lẻ. Các cuộc khởi nghĩa lần lượt nổ ra ở hầu hết các vùng Bắc Kì và Trung Kì.

Cuối năm 1888, do sự phản bội của Trương Quang Ngọc nên vua Hàm Nghi bị bắt và đày đi Angieri. Phong trào Cần Vương giai đoạn thứ nhất kết thúc.

Giai đoạn II (1888 – 1896): Phong trào quy tụ các cuộc khởi nghĩa lớn

Từ cuối năm 1888, mặc dù không còn sự lãnh đạo trực tiếp từ triều đình nhưng phong trào Cần Vương vẫn tiếp tục diễn ra. Nhiều văn thân, sĩ phu yêu nước đứng lên lãnh đạo và phát triển thành nhiều cuộc khởi nghĩa lớn, với tổ chức cao hơn

Một số cuộc khởi nghĩa lớn tiêu biểu đã diễn ra như: cuộc khởi nghĩa Hương Khê của Phan Đình Phùng và Cao Thắng, khởi nghĩa Hùng Lĩnh do Tống Duy Tân lãnh đạo, khởi nghĩa Bãi Sậy do Nguyễn Thiện Thuật chỉ huy,….

Trong giai đoạn này, nhiều cuộc khởi nghĩa lớn đã nổ ra nhưng thực dân Pháp cũng tăng cường lực lượng truy quét. Do đó, để duy trì và phát triển, các nghĩa quân phải liên tục di chuyển địa bàn hoạt động, từ đồng bằng lên vùng trung du và miền núi.

Phong trào Cần Vương giai đoạn này vẫn hoạt động riêng lẻ, chưa có sự thống nhất giữa các cuộc khởi nghĩa lớn. Tính địa phương của các khởi nghĩa dẫn đến sự thiếu lãnh đạo và liên kết. Các cuộc khởi lần lượt thất bại dưới sự đàn áp liên tục của quân đội Pháp.

Năm 1896, phong trào Cần Vương kết thúc.