Lê Chiêu Thống thế cùng lực kiệt, sai người sang cầu cứu nhà Thanh. Vua Thanh là Càn Long muốn nhân cơ hội này thực hiện âm mưu xâm lược nước ta để mở rộng lãnh thổ xuống phía nam.
Cuối năm 1788, nhà Thanh cử Tôn Sĩ Nghị đem 29 vạn quân chia làm bốn đạo tiến vào nước taO.
Trước thế giặc ào ạt, quân ta rút khỏi Thăng Long. Ngô Văn sở và Ngô Thì Nhậm sai người về Phú Xuân báo cho Nguyễn Huệ biết và gấp rút lập phòng tuyến Tam Điệp - Biện Sơn. Phòng tuyến có quân bộ đóng ở Tam Điệp (Ninh Bình), quân thuỷ đóng ở Biện Sơn (cửa Bạng, Thanh Hoá). Thuỷ - bộ liên kết vững chắc.