1. Về lựa chọn vị trí xây dựng chuồng trại hợp lý:
Chuồng trại chăn nuôi cần cần đảm bảo mỹ quan hài hòa với các công trình khác, cách càng xa khu sinh hoạt với gia đình càng tốt, không bị gió lùa hoặc đầu gió; mát mẻ vào mùa hè và ấm áp vào mùa đông, thuận tiện cho chăm sóc, thuận tiện về nguồn nước, thuận lợi cho việc thu gom xử lý chất thải. Nếu có thể nên xây chuồng trại xa đường giao thông chính, tránh được tiếng ồn và những hoạt động qua lại của con người nhằm ngăn chặn lây lan dịch bệnh và dễ cách ly khi dịch bệnh xảy ra.
2. Mật độ và diện tích chuồng nuôi
Mật độ nuôi là một trong những yếu tố quan trọng ảnh hưởng đến năng suất và sức đề kháng bệnh của vật nuôi, song hầu như ít được nông dân tuân thủ nên đã làm cho môi trường chuồng trại kém thông thoáng, dễ phát sinh dịch bệnh và khả năng lây nhiễm bệnh cao. Đối với từng loại gia súc, gia cầm đều có những khuyến cáo quy định về mật độ chăn nuôi và diện tích tối thiểu để đảm bảo cho sản xuất đạt hiệu quả tối ưu. Đối với đại gia súc mật độ nuôi bà con nên đảm bảo từ 3 -5m2/con, tiểu gia súc từ 0,5 -2m2/con, gia cầm 9-10con/m2 đối với gà thịt và 4-5con/m2 đối với gà giống.
3. Xây dựng công trình xử lý chất thải chăn nuôi
- Đối với chăn nuôi quy mô lớn và theo phương thức công nghiệp yêu cầu các hộ chăn nuôi phải xây hầm khí sinh học để tận dụng chất thải chăn nuôi sản xuất khí gas cho đun nấu và không gây ô nhiễm môi trường, tuyệt đối không xả thải chất thải chăn nuôi chưa được xử lý ra môi trường.
- Đối với chăn nuôi quy mô nông hộ nhỏ lẻ thì trong quy hoạch chuồng nuôi phải xây dựng bể chứa chất thải lỏng và ủ phân có nắp đậy. Hàng ngày tiến hành thu gom phân, rác trước khi xịt nước rửa chuồng để đưa vào hố ủ hoai mục làm phân bón. Bà con có thể dùng vôi bột + đất bột + phân lân + lá phân xanh hoặc trấu cùng ủ với phân. Phân ủ hoai mục rất tốt vừa không có mùi, hàm lượng hữu cơ và đạm cao lại vừa không tồn tại mầm bệnh.

Một số biện pháp
-Quy hoạch, xây dựng chuồng, trại :Lựa chọn vị trí xây dựng chuồng trại, diện tích chuồng nuôi, mật độ và bố trí, sắp xếp các dãy chuồng nuôi, xây dựng công trình xử lý chất thải, vệ sinh chuồng trại,trồng cây xanh,...
-Xây dựng hệ thống hầm biogas:
-Ủ phân bằng phương pháp sinh học cùng với việc che phủ kín:
- Xử lý nước thải bằng cây thủy sinh:
- Xử dụng Zeolit, dung dịch điện hoạt hóa Anolit, các chế phẩm sinh học (EM):