Thành phố Hồ Chí Minh với hơn 2.000 con kênh rạch trong địa bàn thành phố nay đã trở thành nỗi ám ảnh của người dân, vì nước tại các con kênh này bị ô nhiễm trầm trọng với các chất thải rắn, nước thải làm ảnh hưởng đến đời sống của người dân ven các con kênh. Các nguồn nước thải từ khu dân cư, nước thải từ các cơ sở chế biến, các khu công nghiệp đổ thẳng vào lòng sông, hồ, kênh rạch khiến dòng nước ở đây đổi màu, bốc mùi và ô nhiễm trầm trọng. 
Hệ thống kênh rạch trong khu vực nội thành TP.HCM có chiều dài khoảng 76km với 5 tiểu lưu vực chính gồm kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè. Tân Hóa - Lò Gốm, Tàu Hủ - Kênh Đôi, Kênh Tẻ - Bến Nghé, Bến Cát - Vàm Thuật. Theo tính toán, mật độ kênh rạch khu vực các quận nội thành hiện đang ở mức rất thấp và không có lợi cho việc thoát nước. đáng lưu ý một số kênh do nạo vét quá sâu nhưng bề rộng mặt cắt bị thu hẹp đến 50%. Theo thống kê hiện nay có đến 60%-70% chiều dài của các tuyến kênh trong nội thành bị ô nhiễm nặng, vấn đề ô nhiễm chủ yếu là ô nhiễm chất hữu cơ và coliform.

Trong đó, theo thống kê các nguồn thải công nghiệp trên địa bàn thành phố từ năm 2010 đến 2012 được thực hiện trên 24 quận/huyện với 826 nguồn thải, chỉ có khoảng 60% nguồn thải có hệ thống xử lý nước thải, các nguồn thải còn lại chỉ xử lý qua sơ bộ (bể tự hoại) trước khi xả thải ra môi trường. Các chất thải công nghiệp làm cho nhiều con sông, kênh rạch tại thành phố đã chết, sức khỏe người dân khu vực lân cận bị ảnh hưởng nghiêm trọng. 

Nguồn nước thải sinh hoạt từ các khu dân cư cũng là nguyên nhân làm cho tình trạng ô nhiễm nguồn nước tại thành phố trở nên nghiêm trọng hơn. Một bộ phận không nhỏ cộng đồng dân cư không quan tâm đến vấn đề này mà thải trực tiếp các chất thải sinh hoạt vào các con kênh quanh khu vực mình ở một cách vô ý thức. Theo như nghiên cứu điều tra của Tổng cục môi trường thi Hàm lượng oxy hòa tan (DO) tại tất cả các điểm quan trắc đều xấp xỉ hoặc thấp hơn so với QCVN 08:2008, cột B1. Đặc biệt, tại các điểm quan trắc ở kênh rạch nội và ngoại ô đều khá thấp, nhất là ở khu vực cầu Xáng (0,19 mg/l – nước lớn). Con kênh Gò Công đã thành kênh nước đen từ nhiều năm nay. Kênh Tân Hóa - Lò Gốm đang được kè, nạo vét hết sức ì ạch, là nỗi bức xúc của người dân các quận 6, 11, Bình Tân,… Nhiều năm nay, con kênh ô nhiễm này chủ yếu do nước thải và rác thải sinh hoạt của chính người dân hai bên bờ xả ra.