Ngũ Hành Sơn gồm có 5 ngọn: Thuỷ Sơn và Mộc Sơn ở phía đông, Thổ Sơn, Kim Sơn, Hoả Sơn ở phía tây. Trong tư duy triết học của Trung Hoa thì ngũ hành: Kim, Mộc, Thủy, Hỏa, Thổ là những yếu tố cấu thành vũ trụ. Con số 5 là con số cực kỳ quan trọng trong tư duy và trong đời sống phương Đông vì vậy 5 ngọn Kim Sơn, Mộc Sơn, Thủy Sơn, Hỏa Sơn, Thổ Sơn tự trong mình nó đã hàm chứa những vẻ kỳ bí dị thường.

Ngọn Kim Sơn nằm ở phía đông nam, bên bờ sông Cổ Cò. Đi thuyền trên sông, du khách có thể ngắm bóng núi, bóng chùa in trên mặt nước phẳng lặng. Tại đây xưa có Bến Ngự, nơi thuyền Vua cập bến mỗi khi du hành Ngũ Hành Sơn. Nay bến xưa không còn nhưng cạnh chùa Quan Âm người ta vừa tìm thấy một cột lim neo thuyền ngày xưa.

Ngay dưới chân ngọn Kim Sơn có một hang động dài hơn 50m, rộng gần 10m, cao khoảng 10 – 15m. Lối vào động là những bậc đá tự nhiên, bên trong là những lớp thạch nhũ bám vào vách núi tạo thành hình tượng Quan Thế Âm Bồ Tát cao bằng người thật rất thanh tú. Tượng thạch nhũ này còn sinh động hơn nhờ một lớp nhũ đá lấp lánh như dải kim tuyến phủ từ bờ vai đến gót chân tượng. Dưới chân tượng là một con rồng đang cuộn mình giữa những làn sóng. Đặc biệt, phía sau Bồ Tát còn có một hình tượng nhỏ hơn trông như Thiện Tài đồng tử và bên trái là hình chim Khổng Tước, hai cánh xoè rộng toả khắp trần động.

Có thể nói đây là bức phù điêu tuyệt mỹ mà thiên nhiên đã ban cho Kim Sơn. Sau khi phát hiện ra động (1950), hoà thượng Thích Pháp Nhãn đã cho mở rộng lối vào động và xây dựng chùa Quán Thế Âm. Chùa dựa lưng vào ngọn Kim Sơn, ngoảnh mặt ra khúc sông đầy hoa sen thơm ngát. Hàng năm vào mùa lễ hội đầu xuân (19/2 âm lịch), chùa mở hội lấy tên là Hội Quán Âm.

Mộc Sơn nằm ở phía đông, sát biển, gần hòn Thuỷ Sơn. Phía đông và nam là động cát, phía bắc là ruộng và phía tây là xóm làng. Tuy thuộc hành Mộc nhưng tại đây lại rất ít cây cối. Đỉnh núi đá bị xẻ thành những răng cưa giống như cái mồng gà trống nên có thể vì vậy mà còn có tên núi Mồng Gà.

Trên hòn núi này không có chùa chiền, chỉ có một khối đá cẩm thạch màu trắng trông tựa người đang ngồi. Người địa phương gọi là Cô Mụ hay Bà Quan Âm. Dưới chóp núi 10m có một kẻ đá rộng chạy ngang phía nam. Trong núi có một động nhỏ, tương truyền ngày xưa có một người đàn bà tên là Trung tu ở đó nên có tên là động Bà Trung. Trong hai cuộc kháng chiến chống Pháp và chống Mỹ cán bộ và nhân dân địa phương thường vào đây để tránh máy bay địch.

Thuỷ Sơn nằm trên một dải đất rộng chừng 15ha và là ngọn cao nhất trong Ngũ Hành Sơn. Đỉnh núi có 3 ngọn nằm ở 3 tầng, giống 3 ngôi sao Tam Thai ở đuôi chòm Đại Hùng tinh nên còn có tên là núi Tam Thai. Ngọn cao nhất ở phía tây bắc gọi là Thượng Thai, ngọn phía nam thấp hơn gọi là Trung Thai và ngọn phía đông thấp nhất gọi là Hạ Thai.

Các chùa chiền và hang động tập trung chủ yếu ở Thuỷ Sơn. Ở ngọn Thượng Thai có Vọng Giang Đài, tháp Phổ Đồng, chùa Từ Tâm, chùa Tam Tâm, chùa Tam Thai, Hành Cung, động Hoả Nghiêm, động Huyền Không, động Linh Nham và động Lăng Hư. Ở ngọn Trung Thai có hai cổng động Thiên Phước Địa, Văn Căn Nguyệt và các động Vân Thông, Thiên Long, hang Vân Nguyệt. Ngọn Hạ Thai có Vọng Hải Đài, chùa Linh Ứng, động Ngũ Cốc, Tàng Chân còn phía dưới núi là Giếng Tiên và động Âm Phủ.

Lên đến chùa Tam Thai là du khách đã đến với một di tích quốc gia và cũng là di tích Phật giáo. Theo sử liệu, chùa được xây dựng cách đây ít nhất 300 năm. Năm 1825, Minh Mạng trong chuyến tuần du Ngũ Hành Sơn đã cho xây lại chùa Tam Thai và đến năm 1927 đã cho đúc 9 tượng và 3 chuông lớn. Vòng ra sau lưng chùa Tam Thai theo một con đường đất, du khách sẽ gặp một cổng vôi cổ kính không biết xây từ bao giờ, trên có 3 chữ Hán “Huyền Không Quan”. Đây là cửa vào động Hoả Nghiêm và động Huyền Không.

Trong động Huyền Không có đường dẫn sâu xuống lòng đất. Lần mò trong bóng tối khoảng 10m trước mặt bỗng bừng lên một khoảng không gian rộng, cao vời vợi, ánh sáng mờ ảo, êm dịu. Động Huyền Không là hang lộ thiên nằm gọn trong lòng núi. Núi hình tròn nên mái động cũng hình vòm, nền bằng phẳng, không có măng đá và nhũ đá, trên vòm có 5 lỗ lớn nhỏ có thể trông thấy bầu trời bên ngoài. Vách động có bọt đá tạo nên những hình thù kỳ thú.

Từ sau chùa Tam Thai, du khách đi về phía đông sẽ gặp cụm hang động Trung Thai. Cụm này có động Thiên Phước Địa, hang Vân Nguyệt và động Vân Thông. Động Vân Thông nằm gọn trong lòng núi, hình tròn như đường ống chếch lên phía ngọn núi. Trong động có một tấm bia cổ, khắc 3 chữ “Ngũ Uẩn Sơn”, giữa động có một tượng Phật rất lớn. Sau lưng tượng là đường đi lên động, càng vào sâu càng hẹp và hướng lên đỉnh núi, phải bám vào các tảng đá mới bò lên được. Cuối động là miệng thông ra ngoài to bằng cái nong (đường kính khoảng hơn 1m). Ánh sáng từ đỉnh dọi vào trong động tạo ánh hào quang rực rỡ. Đứng trên đỉnh động có thể bao quát cả một vùng đồng ruộng, sông biển, xóm làng.

Cụm chùa chiền hang động Hạ Thai gồm có Vọng Hải Đài, chùa Linh Ứng, động Tàng Chân, động Ngũ Cốc, động Âm Phủ, Giếng Tiên. Vọng Hải Đài là điểm cao bên phải chùa Linh Ứng. Đứng ở đây du khách có thể phóng tầm mắt ra một vùng trời biển bao la với các hoạt động nhộn nhịp của ghe thuyền trên biển. Ở đây cũng có một tấm bia bằng đá Trà Kiệu, kích thước như ở Vọng Giang Đài, dựng vào năm Minh Mạng thứ 18 (1837).

Chùa Linh Ứng ở ngọn Hạ Thai cũng là ngôi chùa có giá trị lịch sử cao, được xem là quốc tự và di tích Phật Giáo. Từ tam quan chùa Linh Ứng có đường đi xuống núi, rẽ phải sẽ gặp động Âm Phủ. Động cao, rộng, hình tròn sâu thẳm. Đường hang quay về phía tây, vách lởm chởm đá, ẩm ướt, mát lạnh. Xuống khoảng 30m ta sẽ gặp một hầm cao, ánh sáng vẫn lọt qua khe đá dọi vào. Lần qua những cột đá lớn ta sẽ gặp một hang hẹp, lách qua ngách hầm còn có một vòm cao, một giếng sâu thông xuống lòng đất.

Hoả Sơn gồm 2 ngọn và một đường đá nhô lên nối liền chúng với nhau. Ngọn phía tây gần Kim Sơn là Dương Hoả Sơn, nằm trên bờ sông Cổ Cò. Ngày xưa, khi Đà Nẵng và Hội An còn giao lưu bằng đường thuỷ, ở đây có một ngã ba sông, ghe thuyền qua lại vô cùng tấp nập.

Trên sườn núi phía tây, mặt hướng về phía bắc, đối diện với Kim Sơn có 3 chữ Hán rất to được khắc vào vách đá “Dương Hoả Sơn”. Trong núi Dương Hoả Sơn có các hang và chùa Phổ Sơn Đà. Còn ngọn ở phía đông, gần đường đi Hội An là Âm Hoả Sơn với chóp núi nhô cao, sườn núi có nhiều thớ đá nằm nghiêng và chạy ngang tạo thành lát cắt, mỏm núi phía đông có một hang đá thông từ sườn phía nam ra sườn phía bắc. Cây cối mọc xen dày ở các kẽ đá.

Thổ Sơn là ngọn núi nằm ở phía bắc hòn Kim Sơn và phía tây hòn Thủy Sơn. Đây là ngọn núi đất, thấp nhất nhưng cũng dài nhất, trông như một con rồng nằm dài trên bãi cát. Phía tây Thổ Sơn là đoạn sông Ba Chà. Núi có hai tầng, lô nhô những khối đá trên đỉnh, nhất là ở sườn phía đông. Sườn phía bắc dốc hơn, có những vách đá dựng đứng, hẹp và thấp. Thân núi có một lớp cỏ mỏng bao phủ để lộ nhiều chỗ màu đất sét đỏ có nhiều gạch cổ thời Chiêm Thành.

Trong núi có một cái hang cửa quay về phía tây nam, ăn sâu vào trong núi có tên là hang Cóc hoặc hang Bồ Đề. Ngách vào hang rất hẹp, chỉ đủ một người lách qua. Trong hai cuộc kháng chiến chống Pháp và chống Mỹ, cán bộ, chiến sĩ và nhân dân địa phương đã coi hang Bồ Đề như là một địa đạo thiên nhiên, một địa điểm chống càn, bảo đảm an toàn trong mọi tình huống.

Tại sườn phía bắc ngọn Thổ Sơn, về phía Đà Nẵng, có chùa Long Hoa. Chùa mới được xây dựng từ năm 1992, còn đơn sơ nhưng phong cảnh cũng rất hữu tình. Đặc biệt địa hình nơi đây trải dài rất thuận lợi cho việc tôn tạo cảnh quan để góp phần tô điểm thêm cho bức tranh toàn cảnh Non Nước – Ngũ Hành Sơn thêm phong phú.

Trên vách đá bên cạnh ngôi chùa có một khối đá lớn cao chừng 30m có hình dáng gần giống hình tượng Phật Di Lặc. Theo Phật giáo thì Phật Di Lặc là Phật Vị Lai thuyết pháp tại hội Long Hoa nên chùa lấy tên là chùa Long Hoa. Chùa thờ Phật Di Lặc ở trước, phía sau cao hơn là Phật Thích Ca, hai bên là Bồ tát Quán Thế Âm và Địa Tạng. Trụ trì chùa hiện nay là Thượng tọa Thích Huệ Thường.

Ngũ Hành Sơn được ví như hòn non bộ khổng lồ giữa lòng thành phố Đà Nẵng, không những là biểu tượng văn hoá trong tâm thức của mỗi người con quê hương Đà Nẵng mà còn là điểm đến hấp dẫn của du lịch Miền Trung – con đường di sản.