Hiện tại, công nghệ tế bào gốc phôi vẫn còn đang trong giai đoạn phát triển và đang được nghiên cứu, do đó còn có một số hạn chế về tính chính xác và hiệu quả của các thủ thuật.

Chi phí cao là một trong những hạn chế chính của công nghệ tế bào gốc phôi, điều này có thể giới hạn sự sử dụng của công nghệ này trong một số trường hợp.

Một số rủi ro về sức khỏe có thể xảy ra khi sử dụng công nghệ tế bào gốc phôi, bao gồm việc tạo ra các tế bào gốc bị sai lầm và việc tạo ra các tế bào gốc bị thay đổi gen.

Công nghệ tế bào gốc phôi còn có thể gây ra các vấn đề về vật lý và xã hội, bao gồm việc sử dụng công nghệ này để tạo ra các tế bào gốc đặc biệt hoặc thay đổi gen của con người.

Còn rất nhiều vấn đề phi tế bào gốc cần được quan tâm đến, chẳng hạn như vấn đề quyền riêng tư, chính sách, và vấn đề