1. Thiếu nguồn lực: Việc giám sát và ngăn chặn hành vi phá rừng đòi hỏi sự đầu tư về nhân lực, thiết bị và kinh phí. Tuy nhiên, nhiều quốc gia và tổ chức chưa đủ khả năng để cung cấp đầy đủ nguồn lực cần thiết để thực hiện công tác này.
2. Khó khăn trong việc xác định chính xác diện tích rừng bị phá hoại: Do diện tích rừng rộng lớn và mật độ cây rậm nên việc xác định chính xác diện tích rừng bị phá hoại rất khó khăn.
3. Công nghệ và kỹ thuật không đủ phát triển: Hầu hết các khu rừng nằm ở vùng sâu, vùng xa, kém phát triển về kinh tế và hạ tầng. Do đó, việc sử dụng công nghệ và kỹ thuật để giám sát và ngăn chặn hành vi phá rừng gặp nhiều khó khăn.
4. Sự chủ quan, thờ ơ của cộng đồng và chính quyền địa phương: Nhiều người dân trong các khu vực rừng không nhận thức được ý nghĩa của việc bảo vệ rừng, họ không nghĩ đến hậu quả kéo dài của việc phá rừng. Thêm vào đó, nhiều chính quyền địa phương chưa đủ quyết tâm và khả năng để ngăn chặn hành vi phá rừng.
5. Bất đồng về quản lý rừng: Các quốc gia và tổ chức có thể có quan điểm khác nhau về tầm quan trọng của rừng, cũng như việc quản lý và sử dụng tài nguyên rừng. Điều này gây khó khăn trong việc đưa ra các quy định và sử dụng cách tiếp cận chung để bảo vệ rừng.
6. Tội phạm sử dụng rừng: Phá rừng là hoạt động tội phạm có lợi nhuận cao. Đây là một ngành công nghiệp đen có tổ chức và có đầu tư, sử dụng vũ khí, công nghệ cao để tấn công rừng. Việc ngăn chặn tội phạm này rất khó khăn, đòi hỏi sự đầu tư và chiến lược bảo vệ rừng có tính chất trải dài, phức tạp.