Cấu trúc bậc 1: là trình tự sắp xếp các aa trong chuỗi pôlipeptit.
Cấu trúc bậc 2: là chuỗi pôlipeptit bậc 1 có câu trúc xoắn hình lò xo.
Cấu trúc bậc 3: do cấu trúc bậc 2 uốn khúc đặc trưng cho mỗi loại prôtêin.
Cấu trúc bậc 4: do nhiều cấu trúc bậc 3 kết hợp thành khối cầu.

Cấu trúc bậc 1 của phân tử Protein là chuỗi đơn giản của các axit amin được liên kết với nhau thông qua liên kết peptit.

Cấu trúc bậc 2 của phân tử Protein là cấu trúc gồ ghề (secondary structure) của protein, bao gồm các cấu trúc cục bộ như xoắn α (alpha helix) và lá xường β (beta sheet).

Cấu trúc bậc 3 của phân tử Protein được gọi là cấu trúc tam giác (tertiary structure), bao gồm các cấu trúc gồm các đoạn xoắn, lá xường và các vùng không định hướng.

Cấu trúc bậc 4 của phân tử Protein là cấu trúc bốn phân tử tương tác trong trường hợp các protein tạo thành phức tạp (quaternary structure). Các phân tử protein liên kết với nhau thông qua các tương tác liên kết hydrophobic, liên kết hydrogen hoặc liên kết ion.