Phân có màu nâu do quá trình tiêu hóa thức ăn trong cơ thể. Khi thức ăn được tiêu hóa, các chất dinh dưỡng được hấp thụ và các chất thải không cần thiết được tách ra và chuyển vào ruột già. Tại đây, các chất thải này được hòa tan trong nước và tạo thành phân. Màu nâu của phân là do sự tồn tại của chất sắt từ máu đã bị phân giải trong quá trình tiêu hóa. Ngoài ra, màu nâu cũng có thể do sự hiện diện của các chất khác như bilirubin, một chất có nguồn gốc từ gan.