Dòng thuần chủng là dòng có đặc tính di truyền đồng nhất và ổn định, thế hệ con cháu không phân li có kiểu hình giống bố mẹ. Ở dòng thuần chủng, tất cả các gen đều ở trạng thái đồng hợp

VD: 

Một cơ thể có kiểu gen AaBb tự thụ phấn. Theo lí thuyết, số dòng thuần chủng tối đa có thể được tạo ra là

+ Phép lai 1: Aa × Aa → 2 dòng thuần

+ Phép lai 2: Bb × Bb → 2 dòng thuần

Vậy xét chung cả 2 phép lai sẽ có: 2×2 = 4 dòng thuần là: AABB, AAbb, aaBB và aabb.