Địa hình tỉnh Phú Thọ mang đặc điểm nổi bật là chia cắt tương đối mạnh vì nằm ở phần cuối của dãy Hoàng Liên Sơn, nơi chuyển tiếp giữa miền núi cao và miền núi thấp, gò đồi, độ cao giảm dần từ Tây Bắc xuống Đông Nam.
Phù Ninh thuộc Tiểu vùng Đông Bắc hay tả ngạn sông Hồng. Địa hình đặc trưng của tiểu vùng này là các đồi gò thấp, phát triển trên phù sa cổ (bình quân 50 – 200m) xen kẽ với những dộc ruộng và những cánh đồng bằng ven sông. Đây là vùng tương đối thuận lợi cho phát triển cây công nghiệp, cây ăn quả, sản xuất lương thực, nuôi trồng thủy sản và chăn nuôi. Một số khu vực tập trung những đồi gò thấp tương đối bằng phẳng (tập trung chủ yếu ở vùng Đông Nam của tỉnh) thuận lợi cho phát triển các khu công nghiệp, cụm công nghiệp và phát triển các hạ tầng kinh tế – xã hội khác.
Do phân cấp địa hình, diện tích đất đồi núi, đất dốc của tỉnh Phú Thọ chiếm 64,52% tổng diện tích đất tự nhiên, trong đó diện tích đất có độ dốc >150 chiếm tới 51,6%; sông suối chiếm 4,26% tổng diện tích tự nhiên; địa hình bị chia cắt mạnh gây cản trở không nhỏ cho giao thông, giao lưu kinh tế – văn hóa, phát triển kinh tế – xã hội và đời sống của nhân dân.