Naruto là con trai của Hokage Đệ Tứ – Minato Namikaze và Uzumaki Kushina – Nhân trụ lực của Cửu Vỹ. Sở dĩ cậu có cái tên Naruto là do cha mẹ đặt theo tên nhân vật chính trong bộ truyện của Jiraiya – cha đỡ đầu của cậu. Trước đó, cha mẹ Naruto và Hokage Đệ Tam – Hiruzen Sarutobi luôn sợ mối nguy khi sinh cậu sẽ phá vỡ phong ấn Cửu Vỹ trong người Kushina. Để bảo vệ Kushina và người dân làng Lá, tất cả thông tin đều được bảo mật, chỉ có vài người biết bao gồm Biwako Sarutobi, Taji – nữ hộ sinh, vài ANBU bảo vệ và Minato để duy trì phong ấn. 

Nhưng mọi chuyện không đơn giản như vậy, lúc Kushina sinh, một ninja đeo mặt nạ đã tấn công, giết chết nữ hộ sinh và các ANBU. Sau đó hắn bắt Naruto nhằm uy hiếp và tách Minato khỏi Kushina để phá vỡ phong ấn Cửu Vỹ. Minato giành lại được Naruto cũng chính là lúc phong ấn bị phá vỡ và tên ninja đã điều khiển Cửu Vỹ tàn phá cả làng Lá. Minato nhanh chóng quay lại làng Lá và cắt đứt kiểm soát của tên ninja mặt nạ đó với Cửu Vỹ. Tuy nhiên anh nhận ra rằng cách duy nhất để có thể ngăn chặn Cửu Vỹ ngay lúc này đó chính là phong ấn vào trong cơ thể của con trai mình. Anh tin rằng một ngày nào đó, Naruto sẽ đủ sức mạnh và ý chí để điều khiển được Cửu Vỹ. Việc phong ấn Cửu Vỹ cũng đồng nghĩa Minato phải hy sinh bản thân của mình. Minato và Kushina cùng nhau đỡ đòn chí tử từ Cửu Vỹ để bảo vệ cho cậu con trai bé bỏng. Do đó, Naruto khi sinh ra đã phải chịu cảnh mồ côi cha mẹ, Hiruzen quyết định lấy họ của mẹ để đặt thành cái tên Uzumaki Naruto. Việc lấy họ mẹ giúp Naruto tránh khỏi nguy hiểm từ các mối thù địch của Hokage Đệ Tứ – Minato.

Nguyện vọng cuối cùng của Minato với Hiruzen là muốn dân làng xem Naruto như một anh hùng góp sức đánh bại Cửu Vỹ. Nhưng thực tế chỉ có Hokage Đệ Tam và một số người hiểu được điều này. Hầu hết người dân làng Lá đều xem Naruto Uzumaki là một con quái vật không hơn không kém. Hiruzen đã ra sắc lệnh cấm bất kỳ ai đề cập đến Naruto là một Jinchuuriki với hy vọng rằng cậu có thể hòa nhập với những đứa trẻ khác. Nhưng hầu hết bọn trẻ đều nghe theo lời cha mẹ và xa lánh Naruto. Không khuất phục, Naruto luôn làm những chiêu trò nghịch ngợm, phá phách chỉ mong rằng sẽ được mọi người chú ý và công nhận mình.

Vào một ngày tuyết rơi, Naruto nhập học Học viện Ninja, thấy Hyuga Hinata bị bắt nạt, cậu đã ra tay bảo vệ. Tuy nhiên cậu bị đám trẻ đánh đến bất tỉnh và còn hỏng cả khăn choàng cổ. Khi Naruto tỉnh dậy, Hinata rất biết ơn và đã trả lại chiếc khăn choàng cho cậu nhưng cậu lại để cô giữ nó. Kể từ lúc đó, Hinata đã nảy sinh tình cảm với Naruto đến về sau.