Xác định trình tự nucleotit của mạch 2 của ADN dựa trên nguyên tắc giao đôi cơ bản trong ADN. Theo nguyên tắc giao đôi, adenin (A) luôn giao đôi với timin (T), và guanin (G) luôn giao đôi với cytosin ©. Vì vậy, khi bạn biết trình tự nucleotit của mạch 1 là A-T-G-X-T-A-X-G-T-G, bạn có thể sử dụng nguyên tắc giao đôi để xác định trình tự nucleotit của mạch 2:
A-T-G-X-T-A-X-G-T-G (Mạch 1)
T-A-C-Y-A-T-Y-C-A-C (Mạch 2)
Ở đây, X được giao đôi với Y vì chúng là các nucleotit không chỉ định rõ (ambiguous). Vì vậy, trình tự nucleotit của mạch 2 sẽ là T-A-C-Y-A-T-Y-C-A-C, trong đó Y là nucleotit không chỉ định.