- Một số giống vi sinh vật đang được sử dụng trong sản xuất phân bón vi sinh vật ở Việt Nam như:

+ Phân vi sinh vật cố định nitơ là sản phẩm chứa các vi sinh vật sống cộng sinh với cây họ đậu (đậu tương, đậu đen, đậu xanh, lạc…) Acetobacter, Aerobacter, Azospirillum, Azotobacter, Azotomonas, Clostridium, Chlorobidium, Frankia, Pseudomonas, Rhizobium, Rhodospirillium, Pisolithus hội sinh trên vùng rễ cây trồng cạn hay tự do trong đất, nước có khả năng sử dụng nitơ từ không khí, tổng hợp thành đạm cung cấp cho đất và cây trồng.

+ Phân vi sinh vật phân giải hợp chất photpho khó tan (phân lân vi sinh) sản xuất từ các vi sinh vật có khả năng chuyển hóa các hợp chất photpho khó tan thành dễ tiêu cho cây trồng sử dụng. Một số giống vi sinh vật khó tan như Achromobacter, Aspergillus, Bacillus, Penicillium, Serratia…

+ Phân vi sinh vật kích thích, điều hòa sinh trưởng thực vật có chứa các vi sinh vật có khả năng sinh tổng hợp các hoạt chất sinh học có tác dụng điều hòa hoặc kích thích quá trình trao đổi chất của cây. Một số giống vi sinh vật điều hòa sinh trưởng như  Agrobacterium, Anthrobacter, Flavobacterium, VAM.

+ Phân vi sinh vật chức năng là một dạng của phân bón vi sinh vật, ngoài khả năng tạo nên các chất dinh dưỡng cho đất, cây trồng, còn có thể ức chế, kìm hãm sự phát sinh, phát triển của một số nấm bệnh vùng rễ cho vi khuẩn và vi nấm gây nên.

- Một số tác nhân ảnh hưởng đến hiệu lực của vi sinh vật như:

+ Thuốc diệt trừ nấm, trừ sâu: các loại hóa chất xử lý hạt giống, chứa các kim loại nặng như thủy ngân, đồng hay chì đều độc với các vi sinh vật. Do vậy không nên trộn hạt giống đã xử lý hóa chất diệt trừ nấm, trừ sâu với vi sinh vật. Hiện nay chưa có nghiên cứu về ảnh hưởng của thuốc trừ sâu đến sự tồn tại và hoạt tính của vi sinh vật có ích.

+ Các dinh dưỡng khoáng

Đạm: Để phát huy hiệu quả của phân bón vi sinh vật cần thiết phải cân đối được khả năng cung cấp dinh dưỡng của vi sinh vật và nhu cầu của cây trồng. Nếu bón quá nhiều phân khoáng sẽ gây nên lãng phí và ngược lại nếu cung cấp không đủ cây trồng sẽ bị thiếu dinh dưỡng . Do vậy khi sử dụng phân bón vi sinh vật nhất thiết phải tuân thủ theo khuyến cáo của nhà sản xuất.

Phân lân: Vi sinh vật phân giải lân có khả năng khoáng hóa lân hữu cơ hoặc chuyển hóa lân vô cơ khó tan thành lân dễ tiêu cung cấp cho đất và cây trồng, nghĩa là chỉ có tác dụng khi có sẵn nguồn lân vô cơ hoặc hữu cơ trong đất. Do vậy khi bón phân hữu cơ vi sinh có vi sinh vật phân giải lân nên bón thêm lân để tăng hiệu quả.

Phân kali: Một số loài vi khuẩn có nhu cầu về kali. Vai trò của kali là tạo áp suất thẩm thấu trong quá trình trao đổi chất của vi khuẩn cũng như trong dịch huyết tương của cây trồng. Cần bón đủ kali theo nhu cầu sinh trưởng và phát triển của cây để cây phát triển tốt và các vi sinh vật hoạt động.

- Độ chua của đất: Vi sinh vật nói chung đều bị ảnh hưởng bởi độ pH đất, hoạt tính sinh học của chúng sẽ giảm trong điều kiện pH thấp vì tác động trực tiếp của pH thấp đến sự sinh trưởng hoặc trao đổi chất. Đất có pH thấp thường ít các nguyên tố Ca, Mg, P, Mo…và chứa nhiều nguyên tố độc hại với cây trồng như nhôm và mangan. Hiện nay đã nghiên cứu tuyển chọn ra nhiều chủng vi sinh vật có dải pH rộng  nên có nhiều phân vi sinh vật có khả năng sử dụng cho mọi loại đất trồng với pH khác nhau.

- Nhiệt độ: Nhiệt độ đất ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động sống và quá trình sinh tổng hợp các chất sinh học của vi sinh vật. Dải nhiệt độ tốt nhất đối với các vi sinh vật làm phân bón vi sinh khoảng 25-350C.

- Độ ẩm đất: Độ ẩm đất có vai trò quan trọng trong quá trình sinh trưởng, phát triển và sinh tổng hợp hoạt chất sinh học của vi sinh vật tồn tại trong đất. Thiếu nước vi khuẩn không di chuyển được, đồng thời cũng không sinh sản được. Thiếu nước ngăn cản sự phát triển của cây ảnh hưởng gián tiếp đến hoạt động của vi sinh vật. Đa số vi sinh vật sống hiếu khí nghĩa là cần ôxy để sinh trưởng phát triển do vậy nước dư thừa sẽ có hại cho quá trình sinh trưởng và phát triển của chúng.

- Phèn mặn: Trên vùng đất khô, phèn mặn có ảnh hưởng rất lớn đến hoạt động sống của vi sinh vật. Nồng độ muối cao ảnh hưởng trực tiếp đến cấu trúc màng tế bào của vi sinh vật, đồng thời tác động đến quá trình trao đổi chất của vi sinh vật. Hiện nay người ta quan tâm nhiều đến việc tuyển chọn các vi sinh vật chịu được nồng độ cao và kết quả đã tạo được một số loại phân bón vi sinh vật có khả năng thích ứng với độ phèn mặn cao.

- Vi khuẩn cạnh tranh: Trong đất nhất là ở các vùng trồng chuyên canh đặc biệt là độc canh tồn tại rất nhiều vi sinh vật tự nhiên, các vi sinh vật này cạnh tranh với vi sinh vật hữu hiệu và làm giảm hiệu quả của chúng. Do vậy việc tuyển chọn ra các vi sinh vật có khả năng cạnh tranh cao sử dụng cho sản xuất phân bón vi sinh vật được quan tâm và hiện nay Viện Khoa học kỹ thuật Nông nghiệp Việt Nam đã tuyển chọn được một số chủng vi khuẩn đáp ứng yêu cầu cạnh tranh cao.