Nếu khai thác nguồn lợi thủy sản không hợp lí dẫn đến môi trường bị ô nhiễm các sinh vật thủy sản chết, ngoài ra còn có thể làm giảm sút nghiêm trọng đối với những phương pháp khai thác mang tính hủy diệt như dùng điện, chất nổ,… Tất cả các lý do trên đều ảnh hưởng xấu đến môi trường thủy sản.