- Lãnh thổ Nhật Bản không rộng, tài nguyên khoáng sản rất nghèo nàn, nền công nghiệp của Nhật Bản hầu như phụ thuộc vào các nguồn nguyên nhiên liệu, nhập khẩu từ bên ngoài.

- Cơ cấu vùng kinh tế của Nhật Bản thiếu cân đối, tập trung chủ yếu vào ba trung tâm là Tôkiô, Ôxaca và Nagôia, giữa nông nghiệp và công nghiệp cũng có sự mất cân đối.

- Nhật Bản luôn gặp sự cạnh tranh quyết liệt của Mĩ, Tây Âu...

Đây đều là những khó khăn đối với sự phát triển kinh tế của Nhật Bản.