Nguyên lí của tạo thực vật biến đổi gene là:

- Dựa trên nguyên lí chung của công nghệ gene: (1) nguyên lí tái tổ hợp DNA là sự dung hợp giữa hai hay nhiều đoạn DNA gắn với nhau tạo ra phân tử DNA tái tổ hợp, (2) nguyên lí biểu hiện gene là thông tin mã hóa trình tự amino acid trên gene được biểu hiện thành protein trong tế bào sống thông qua cơ chế phiên mã và dịch mã.

- Ngoài ra còn dựa trên một số nguyên lí đặc trưng:

+ Ti plasmid (đã làm mất khả năng gây bệnh) là vector được sử dụng phổ biến để chuyển gene vào cơ thể thực vật. Ngoài ra, để chuyển gene vào thực vật có thể dùng súng bắn gene, chuyển gene trực tiếp qua ống phấn, vi tiêm ở tế bào trần, dùng virus,…

+ Việc chuyển plasmid tái tổ hợp vào tế bào thực vật có thể tiến hành theo 2 phương pháp là dùng xung điện hoặc dùng vi khuẩn A. tumefaciens.

+ Tế bào thực vật được chuyển gene sau đó được nuôi cấy cho tái sinh thành các cây trồng biến đổi gene.