Virus không thể tiêu diệt hoàn toàn vi khuẩn vì:

- Trong quá trình sống của vi khuẩn, dưới tác động của chọn lọc tự nhiên, các đột biến chứa các thụ thể mà các phage không thể nhận biết, do đó, các loại vi khuẩn này tiếp tục thích nghi và tiến hóa để tránh sự xâm nhập của virus.

- Mặt khác, khi DNA virus xâm nhập vào vi khuẩn, nó có thể bị cắt vụn bởi enzyme giới hạn, do đó hạn chế khả năng nhân lên và lây nhiễm của phage trong quần thể vi khuẩn.

- Ngoài ra, một số phage tồn tại trong tế bào vi khuẩn ở trạng thái tiềm tan mà chúng không phá vỡ tế bào vi khuẩn.