Một trong những nguyên nhân khiến việc nhân bản vô tính động vật vẫn chưa thực sự thành công là do việc tái lập trình hệ gene của tế bào cho nhân vẫn không được diễn ra một cách hoàn hảo trong tế bào trứng. Trong quá trình biệt hóa tế bào, nhiều gene được đóng/mở bằng cách methyl hóa (gắn thêm nhóm -CH₃) một số vị trí nucleotide (cytosine). Trong quá trình giải biệt hóa tế bào cho nhân, có thể một số gene trong tế bào cho nhân chưa được khử nhóm methyl nên còn nhiều gene chưa được giải biệt hóa, dẫn đến quá trình phát triển của con vật nhân bản chưa bình thường.