Những yếu tố ảnh hưởng đến năng suất và chất lượng enzyme thu được khi nuôi cấy vi sinh vật:

- Môi trường dinh dưỡng: Cùng một loại vi sinh vật nhưng môi trường nuôi cấy có thành phần dinh dưỡng khác nhau thì mức độ tạo thành enzyme và các thành phần tạo nên enzyme cũng khác nhau.

- Độ ẩm môi trường: Độ ẩm phải phù hợp với từng loại môi trường, ví dụ nuôi cấy bề mặt phải đảm bảo độ ẩm môi trường khoảng 60%.

- pH môi trường: Mỗi loại môi trường, mỗi loại enzyme cần thu có dải pH tương thích hợp khác nhau, có thể dao động từ 3,5 đến 8.

- Nhiệt độ: Thông thường, vi sinh vật có phổ nhiệt độ tương thích từ 25 - 30 ^oC.

- Ngoài ra, nồng độ oxygen của môi trường nuôi cấy, thời gian nuôi cấy cũng có thể ảnh hưởng đến sự sinh trưởng, sinh sản của vi sinh vật, do đó ảnh hưởng đến năng suất và chất lượng enzyme,

- Đặc biệt lưu ý, để tăng sự tổng hợp enzyme, người ta thường dựa vào hiện tượng cảm ứng. Chất cảm ứng tổng hợp enzyme cho thêm vào môi trường nuôi thường là cơ chất tương ứng của enzyme cần tổng hợp. Ví dụ: Muốn tách enzyme α – amylase ở nấm mốc, người ta bổ sung vào môi trường nuôi cấy tinh bột.