Để phân giải rơm rạ hoặc các chất thải chứa cellulose thành đường đơn rồi sau đó lên men tạo ra cồn dùng để sản xuất xăng sinh học thì vi sinh vật cần tham gia vào 2 giai đoạn:

- Giai đoạn thủy phân: Vi sinh vật sinh ra các enzyme cellulase thủy phân liên kết giữa các đơn phân trong phân tử polysaccharide tạo thành đường đơn 5C, 6C.

- Giai đoạn lên men: Vi sinh vật lên men đường đơn 5C, 6C để tạo ra ethanol.