Ưu điểm của công nghệ tạo khí sinh học bởi vi sinh vật:

- Tạo ra khí sinh học giá rẻ phục vụ nhu cầu sử dụng của con người (dùng làm chất đốt hoặc chuyển hóa thành điện năng).

- Sản xuất khí sinh học từ vi sinh vật không gây ô nhiễm môi trường mà còn góp phần làm giảm ô nhiễm môi trường do sử dụng nguyên liệu là các chất thải hữu cơ.

- Sản phẩm phụ từ quá trình sản xuất khí sinh học có thể được sử dụng làm phân bón hữu cơ, có lợi ích về kinh tế, tăng giá trị sản xuất nông nghiệp.