Việc quản lí dịch bệnh trong quy trình nuôi thuỷ sản theo tiêu chuẩn VietGAP được thực hiện như sau:

- Thường xuyên theo dõi, kịp thời phát hiện dấu hiệu bị sốc, bị bệnh, nghi ngờ bị bệnh, các dấu hiệu bất thường khác trên thuỷ sản nuôi và thực hiện các biện pháp cần thiết để ngăn ngừa phát sinh dịch bệnh.

- Thực hiện cách lì, ngăn chặn sự lây lan dịch bệnh giữa các ao nuôi và từ ao nuôi ra bên ngoài.

- Nếu mắc bệnh thuộc Danh mục bệnh thuỷ sản phải công bố dịch thì phải báo cáo ngay cho các cơ quan có trách nhiệm nơi gần nhất.

- Sử dụng thuốc thú y thuỷ sản nằm trong danh mục thuốc được lưu hành theo phác đồ của cán bộ chuyên môn, không sử dụng thuốc trong danh mục cấm và phải tuân thủ thời gian ngừng sử dụng thuốc thú y thuỷ sản, kháng sinh trước khi thu hoạch theo khuyến cáo của nhà sản xuất hoặc cơ quan quản lí