Việc kiểm soát môi trường nuôi thủy sản trong tiêu chuẩn VietGAP:

- Nước cấp vào ao nuôi phải được xử lí và kiểm soát các chỉ tiêu về an toàn thực phẩm.

- Chất lượng nước nuôi phải thích hợp với loài thuỷ sản và không là mối nguy gây mất an toàn thực phẩm, an toàn dịch bệnh. 

- Cơ sở nuôi cần định kì kiểm tra chất lượng nước ao nuôi về một số chỉ tiêu lí – hoá phù hợp với - loài thuỷ sản và hình thức nuôi trồng.

- Các chỉ tiêu môi trường theo dõi bao gồm: pH, hàm lượng oxygen hoà tan, lượng chất rắn lơ lửng, hàm lượng ammonia, hydro sulfide, độ mặn