- Phương pháp cố định và nhuộm màu: Để nghiên cứu hình dạng, kích thước và một số cấu tạo trong tế bào vi sinh vật.

- Phương pháp siêu li tâm: Cho phép nhìn cấu trúc dưới mức tế bào.

- Phương pháp đồng vị phóng xạ: Để nghiên cứu cấu trúc không gian của những phân tử, theo dõi các quá trình tổng hợp sinh học bên trong tế bào ở mức độ phân tử.