♦ Ở trung ương:

- Vua Minh Mạng tiến hành cải tổ hệ thống Văn thư phòng và thành lập Cơ mật viện làm hai cơ quan tham mưu và tư vấn tối cao của hoàng đế về hành chính, chính trị và an ninh, quân sự.

+ Năm 1820, đổi Thị thư viện thành Văn thư phòng. Năm 1829, lập Nội các thay thế cho Văn thư phòng với chức năng như một cơ quan hành chính trung ương, chuyển và tiếp nhận công văn từ triều đình đến các địa phương và ngược lại, khởi thảo các chế cáo, lưu giữ công văn.

+ Năm 1834, lập Cơ mật viện làm cơ quan tư vấn tối cao cho nhà vua về những vấn đề quân sự quan trọng, đứng đầu là quan văn, võ do đích thân nhà vua lựa chọn.

- Hoàn thiện cơ cấu, chức năng của lục Bộ và cải tổ các cơ quan chuyên môn như Quốc tử giám, Hàn lâm viện....

- Vua Minh Mạng cũng thực hiện chế độ giám sát, thanh tra chéo giữa các cơ quan trung ương thông qua hoạt động của Đô sát viện và lục Khoa.

♦ Ở địa phương:

- Xóa bỏ Bắc Thành (năm 1831) và Gia Định Thành (năm 1832), chia cả nước thành 30 tỉnh và phủ Thừa Thiên. Đứng đầu tỉnh là Tổng đốc, Tuần phủ. Tổng đốc thường là người phụ trách hai tỉnh, trực tiếp cai trị một tỉnh. Tỉnh còn lại do Tuần phủ đứng đầu, đặt dưới sự kiêm quản của Tổng đốc.

- Đối với vùng dân tộc thiểu số:

+ Vua Minh Mạng cho đổi các động, sách thành xã như vùng đồng bằng, đồng thời bãi bỏ chế độ cai trị của các tù trưởng địa phương, bổ dụng quan lại của triều đình đến cai trị trực tiếp.

- Về bộ máy quan lại: Vua Minh Mạng cũng cải tổ chế độ hồi tỵ bằng việc mở rộng phạm vi, đối tượng áp dụng và bổ sung những quy định mới rất nghiêm ngặt.