Phân loại cây nhị phân như sau:

- Cây nhị phân được gọi là hoàn hảo nếu mọi nút của cây đều có đủ hai nút con và tất cả các nút lá đều cùng mức.

- Cây nhị phân được gọi là hoan chỉnh nếu tại mức i có 2ⁱ nút và tại mức h thì các nút liên tục tính từ trái sang phải, có thể khuyết một số nút bên trái, với h là chiều cao của cây.

Một số cách biểu diễn cây nhị phân bằng mảng 1 chiều hoặc bằng nút liên kết:

- Mảng 1 chiều: nếu cho trước 1 mảng 1 chiều có thể dễ dàng thiết lập cây nhị phân hoàn chỉnh tương ứng với mảng này. Nút gốc của cây sẽ tương ứng với phần tử đầu tiên của mảng với chỉ số 0. Các phần tử tiếp theo sẽ tương ứng với chỉ số các nút của cây theo thứ tự từng mức, từ trái sang phải.

- Biểu diễn cây nhị phân bằng nút liên kết: Cây có một nút gốc, mỗi nút có thể có nhiều nút con. Thông thường, cấu trúc của cây là cấu trúc liên kết.