Chúng ta thường gặp khó khăn trong việc chế tạo vaccine phòng virus cúm vì: Virus cúm có hệ gene là RNA có tần số và tốc độ đột biến rất cao bởi vì enzyme polymerase do virus tổng hợp không có cơ chế sửa sai. Đồng thời, các biến chủng cũng được tạo ra do cơ chế tái tổ hợp virus từ nhiều nguồn khác nhau. Do khả năng biến chủng này, virus cúm có tính kháng thuốc rất nhanh, gây ra những khó khăn trong việc chế tạo vaccine phòng virus cúm.