Chu trình sinh - địa - hóa được chia thành 3 giai đoạn: 

- Các chất vô cơ từ môi trường được chuyển vào cơ thể sinh vật sản xuất.

- Các chất vô cơ được truyền qua các bậc dinh dưỡng.

- Các chất từ cơ thể sinh vật truyền trả lại môi trường.