- Không có vi sinh vật thì rác thải sẽ bị tồn đọng gây ra ô nhiễm môi trường không khí, đất, nước; gây ra mùi hôi thối; chiếm chỗ ở của con người và động thực vật; không xảy ra chu trình chuyển hóa vật chất, dẫn đến giảm lượng mùn, khoáng chất cung cấp cho thực vật;… Bởi vậy, nếu không có vi sinh vật thì sẽ ảnh hưởng nghiêm trọng đến đời sống của các sinh vật trên Trái Đất trong đó có con người.

- Khó có loài sinh vật nào có thể thay thế hoàn toàn vi sinh vật, vì một số chất chỉ có vi sinh vật mới có khả năng tổng hợp được (ví dụ: enzyme nitrogenase chỉ được tổng hợp bởi các vi khuẩn cố định nitrogen,…) hoặc chỉ có vi sinh vật mới có thể thực hiện các quá trình sinh hóa nhất định (oxi hóa sắt,…).