Vi sinh vật có kích thước nhỏ nhưng lại có vai trò rất quan trọng trong cân bằng hệ sinh thái vì: Hầu hết vi sinh vật đều tham gia và đóng vai trò quan trọng trong quá trình chuyển hóa vật chất ở hệ sinh thái. Vi sinh vật không trực tiếp phân hủy các hợp chất hữu cơ mà chỉ tham gia chuyển hóa các hợp chất hữu cơ thành những chất đơn giản như đường, amino acid, lipid,… nhờ enzyme ngoại bào. Do có sự tham gia của vi sinh vật vào quá trình phân giải các chất mà chuỗi thức ăn và lưới năng lượng của hệ sinh thái luôn được duy trì ở trạng thái cân bằng.