Một số ứng dụng của phân giải kị khí các chất hữu cơ bằng vi sinh vật trong tự nhiên:

- Lên men ethanol: Các chất hữu cơ (saccharose, tinh bột,…) được lên men để sản xuất ethanol. Ethanol được thu hồi để làm nguyên liệu sản xuất xăng sinh học, dung môi hòa tan các chất, dùng trong nhiều ngành công nghiệp khác (diệt may, điện tử, in,…).

- Lên men lactic: Vi khuẩn lactic tiến hành phân giải chất hữu cơ thành lactic acid. Người ta thu hồi lactic acid dùng làm nguyên liệu sản xuất mĩ phẩm, làm sữa chua hoặc bảo quản rau, quả.

- Lên men rượu: Được ứng dụng trong công nghiệp sản xuất rượu vang, bia và các loại nước giải khát lên men,…