Cách thức vi sinh vật có thể hấp thụ được các chất có kích thước phân tử lớn như protein, tinh bột, lipid, cellulose: Vi sinh vật tiết ra các enzyme thủy phân ngoại bào như protease, amylase, lipase, cellulase để phân giải các chất có kích thước lớn thành các chất có kích thước nhỏ như amino acid, đường đơn, acid béo. Sau đó, vi sinh vật sẽ hấp thụ các sản phẩm phân giải vào tế bào.