Phức chất có hoạt tính sinh học ngày càng được sử dụng nhiều trong hoá dược để phát triển các loại thuốc trị các bệnh cụ thể.

- Nhiều phức chất được sử dụng làm thành phần chính của các thuốc điều trị bệnh: cisplatin, carboplatin, oxaliplatin,… là các phức chất của platinum, dùng trong điều trị ung thư; vitamin B12 là phức chất của cobalt, được úng dụng trong điều trị các bệnh về thần kinh, thiếu máu, bổ sung dinh duỡng cho phụ nữ mang thai và trẻ em,…

- Một số phức chất được ứng dụng để bổ sung cation kim loại cho cơ thể hoặc bài tiết cation kim loại ra khỏi cơ thể.

+ Khi cơ thể thiếu cation kim loại, người ta đưa vào cơ thể phức chất không độc với nguyên tử trung tâm là kim loại cần bổ sung.

+ Khi hàm lượng cation kim loại trong cơ thể cao bất thường (chẳng hạn do nhiễm độc thủy ngân, chì hoặc dư thừa sắt), người ta đưa một số chất vào cơ thể để tạo phức chất với cation kim loại đó. Các phức chất này sẽ được thải ra ngoài cơ thể qua đường bài tiết.

- Phức chất của nguyên tố gadolinium được sử dụng làm chất tương phản trong kĩ thuật chụp MRI (chụp cộng hưởng từ).