Điểm khác nhau của hệ thống thủy canh và khí canh:

- Hệ thống khí canh:

+ thời gian thu hoạch khá ngắn;

+ cây mắc phải bệnh sẽ lây lan rất nhanh.

+ đối tượng cây trồng áp dụng: rau ăn lá và nhân nhanh vô tính giống cây sạch bệnh.

+ bộ rễ cây lơ lửng trong không khí

- Hệ thống thủy canh:

+ thời gian thu hoạch lâu hơn;

+ hạn chế lây lan dịch bệnh hơn

+ đối tượng cây trồng áp dụng: các loại rau quả ngắn ngày, khó áp dụng với cây lương thực, cây ăn quả.

+ cây trồng được nhúng trực tiếp trong dung dịch dinh dưỡng