Một số hiện tượng ô nhiễm môi trường trong trồng trọt là :

- đất trồng bị thoái hóa (axit hóa, kiểm hóa, mặn hóa, bạc màu, chặt, bí,..)

- đất trồng và nguồn nước bị nhiễm độc tố (tồn dư thuốc bảo vệ thực vật, kim loại nặng, phân bón, hóa chất,..) và vi sinh vật có hại, không bị nhiễm khói, bụi và các khí độc (CH4; H2S..)