Nguyên nhân gây ô nhiễm môi trường trong trồng trọt:

- Sử dụng phân bón hoá học không đúng cách và quả liều lượng quy định.

- Sử dụng phân bắc, phân chuồng tươi không qua xử lí.

- Lạm dụng thuốc bảo vệ thực vật và hoá chất xử lí đất, sử dụng các loại thuốc có độ độc cao và không rõ nguồn gốc.

- Rác thải nguy hại trong trồng trọt (bao bì phân bón hoá học, bao bì thuốc bảo vệ thực vật,... ) chưa được thu gom và xử lí mà thải trực tiếp ra môi trường.

- Phụ phẩm trong trồng trọt không được xử lí mà vứt bỏ ra môi trường hoặc đốt bỏ (rơm, rạ)