Tế bào nhân thực được chia thành nhiều xoang tách biệt bởi hệ thống nội màng và các bào quan có màng bao bọc, điều này có ý nghĩa quan trọng trong hoạt động của enzyme và quá trình chuyển hóa năng lượng trong tế bào:

- Tạo môi trường thích hợp cho sự hoạt động của mỗi enzyme: Mỗi loại enzyme khác nhau cần có một môi trường hoạt động phù hợp để tạo hiệu suất hoạt động cao nhất. Như vậy, việc tế bào nhân thực được chia thành nhiều xoang tách biệt bởi hệ thống nội màng và các bào quan có màng bao bọc sẽ tạo ra các môi trường khác nhau thích nghi cho sự hoạt động của các enzyme khác nhau trong cùng một tế bào mà vẫn không ảnh hưởng đến sự hoạt động của các enzyme khác.

- Bảo vệ cấu trúc và hoạt động bình thường của tế bào: Nhiều loại enzyme xúc tác cho quá trình phân hủy các chất, các tế bào già, các phân tử sinh học không còn chức năng,… Vậy nếu các loại enzyme phân hủy này không được bao bọc cẩn thận trong các xoang và các bào quan có màng thì enzyme này có thể phá hủy cấu trúc và sự hoạt động của cả những tế bào, những phân tử sinh học vẫn còn chức năng.