Cấy ghép mô được tạo thành bằng công nghệ tế bào gốc có thể giảm nguy cơ loại thải mô cấy ghép so với các phương pháp cấy ghép mô từ nguồn khác vì: Nhờ công nghệ tế bào gốc, từ chính các tế bào của người bệnh (mô tự thân) có thể tạo nên các mô, cơ quan tạng thay thế. Do đó, các mô, cơ quan tạng thay thế này có các "dấu chuẩn" đặc trưng khiến hệ miễn dịch của cơ thể có thể không nhận diện thành các tế bào ngoại lai mà gây ra phản ứng đào thải.