Điểm hạn chế của nguồn nguyên liệu động vật và thực vật so với nguồn nguyên liệu vi sinh vật trong công nghệ sản xuất enzyme tự nhiên:

- Tốc độ sinh trưởng của tế bào động vật và thực vật trong môi trường nuôi cấy nhân tạo kém hơn của vi sinh vật.

- Chi phí nuôi cấy của tế bào động vật và thực vật tốn kém hơn.

- Nguồn enzyme của tế bào động vật và thực vật kém phong phú hơn.