Nên sử dụng tác nhân kiểm soát sinh học để hạn chế sinh vật gây hại hơn là dùng thuốc bảo vệ thực vật vì:

- Mặc dù thuốc bảo vệ thực vật có thể tiêu diệt ngay một lượng lớn sinh vật gây hại, giải quyết ngay được vấn đề do sinh vật có hại gây ra nhưng khi lạm dụng thuốc bảo vệ thực vật sẽ khiến dư lượng thuốc bảo vệ thực vật trong môi trường tăng lên, gây ô nhiễm môi trường, ảnh hưởng đến sức khỏe con người và cân bằng hệ sinh thái. Sử dụng tác nhân kiểm soát sinh học sẽ thân thiện với môi trường, không để lại dư lượng hóa chất có hại cho con người hoặc các sinh vật khác; mang lại hiệu quả lâu dài và thường là vĩnh viễn; chi phí tương đối thấp.

- Nếu lạm dụng thuốc bảo vệ thực vật một thời gian sẽ ảnh hưởng đến sức khoẻ và hệ gene con người, ảnh hưởng tới nền nông nghiệp và hệ sinh thái như sau:

+ Đối với sức khoẻ con người: Dư lượng thuốc bảo vệ thực vật trong môi trường đất, nước, theo chuỗi và lưới thức ăn vào cơ thể con người, có thể gây ngộ độc thực phẩm hoặc tích tụ dần gây nên bệnh ung thư và một số bệnh khác.

+ Đối với nền nông nghiệp: Sử dụng quá mức thuốc bảo vệ thực vật sẽ tiêu diệt hàng loạt sinh vật, bất kể chúng có lợi hay phá hoại mùa màng. Sau khi sử dụng hóa chất, các loại thiên địch thường rơi vào tình trạng thiếu thức ăn hoặc ngộ độc dẫn đến chết dần, trong khi đó, một số loại sâu/bệnh hại có thể dễ dàng phục hồi hoặc hình thành đặc tính kháng thuốc. Quá trình này diễn ra liên tục sẽ dẫn đến tác động khó lường cho hệ sinh thái đồng ruộng. Bên cạnh đó, hóa chất ngấm vào và tích tụ trong đất sẽ giết chết hệ vi sinh vật tạo nên sự màu mỡ khiến đất trở nên bạc màu, mất dinh dưỡng, giảm năng suất nông sản.

+ Đối với hệ sinh thái: Ngày càng nhiều bằng chứng cho thấy việc sử dụng thuốc bảo vệ thực vật quá mức trong nông nghiệp đang đe dọa đa dạng sinh học và hệ sinh thái.