Kiểm soát sinh học mang lại nhiều lợi ích nhưng việc loại bỏ hoàn toàn thuốc BVTV hóa học ra khỏi danh mục các chất/phương pháp kiểm soát dịch bệnh vẫn chưa được thực hiện vì:

- Tác nhân kiểm soát sinh học có thể là thiên địch với loài gây hại và với những loài có lợi khác dẫn đến tiêu diệt nhầm các loài sinh vật có lợi.

- Sử dụng tác nhân kiểm soát sinh học không loại bỏ hoàn toàn sinh vật gây hại ngay nên không đạt hiệu quả tức thì, dập tắt ngay dịch bệnh do sinh vật gây hại gây ra.

- Kiểm soát sinh học đòi hỏi chi phí cao do phải đầu tư xây dựng một hệ thống kiểm soát tổng hợp các dịch hại trong khu vực.