- Giống: Đều dựa trên mối quan hệ đối kháng giữa các loài sinh vật (vật ăn thịt - con mồi, kí sinh - vật chủ,…), nhờ đó, các loài sinh vật có thể kiểm soát kích thước quần thể của nhau.

- Khác:

+ Cơ sở khoa học: Hiện tượng khống chế sinh học dựa trên mối quan hệ sinh thái tự nhiên giữa các loài sinh vật; kiểm soát sinh học ngoài dựa trên mối quan hệ sinh thái tự nhiên còn dựa trên cơ sở di truyền học.

+ Phương thức tác động: Hiện tượng khống chế sinh học trong tự nhiên được thực hiện dựa trên sự tác động qua lại giữa vật ăn thịt và con mồi, vật kí sinh và vật chủ; kiểm soát sinh học được thực hiện bằng nhiều phương pháp khác nhau như: sử dụng các loài thiên địch, dùng thuốc trừ sâu sinh học, gây đột biến bất dục,...

+ Kết quả: Hiện tượng khống chế sinh học trong tự nhiên là duy trì kích thước của các quần thể sinh vật ở mức ổn định; kiểm soát sinh học làm suy giảm kích thước quần thể sinh vật gây hại nhằm phục vụ lợi ích của con người.