Chức năng chính của protein trên màng sinh chất:

- Vận chuyển chất qua màng

- Là các enzyme xúc tác cho các phản ứng sinh hoá của tế bào.

- Là các thụ thể thu nhận và truyền thông tin cho tế bào.

- Tạo nên các mối nối gắn kết giữa các tế bào với nhau va một số có chức năng neo giữ, kết nối protein màng với bộ khung bên trong tế bào hay với mạng lưới protein bên ngoài tế bào.

- Ngoài ra, một số protein màng (glycoprotein) còn có chức năng tạo nên các đặc điểm nhận diện đặc trưng cho từng loại tế bào.