- Trong nghiên cứu di truyền : sử dụng dòng thuần chủng để phân tích kiểu gen, xác định dòng thuần chủng của các tính trạng trội. Trên cơ sở đó, xác định được quy luật phân bố kiểu gen là cơ sở cho khả năng biểu hiện kiểu hình theo một tỉ lệ phân li nhất định. 

- Trong chọn giống : làm nguyên liệu cho tạo ưu thế lai và lai tạo giống mới, phát hiện dị tật của giống, so sánh, đánh giá hiệu quả của các giống, tìm ra giống tốt nhất. Dòng thuần đồng hợp tử lặn được sử dụng trong lai phân tích để xác định độ thuần chủng của giống trước khi đưa vào sản xuất .