Nghiên cứu của Morgan phát hiện di truyền liên kết được ra đời trong bối cảnh:

- Cho đến thập niên 1910, di truyền học Mendel (1865) và sự phát hiện, quan sát nhiễm sắc thể của W. Flemming (1878) là cơ sở cho việc giải thích hiện tượng di truyền các tính trạng ở sinh vật.

- Năm 1909, nhà nghiên cứu tế bào học Frans Janssens quan sát được cấu trúc bắt chéo của nhiễm sắc thể dưới kính hiển vi.

- Năm 1908, khi nghiên cứu ruồi giấm, Morgan đã phát hiện các dòng đột biến về màu mắt và nhiều tính trạng khác.

→ Từ các thí nghiệm lai giữa các dòng ruồi giấm, Morgan và cộng sự đã phát hiện sự di truyền của nhiễm sắc thể giới tính, di truyền liên kết giới tính và hiện tượng liên kết gene.