Để tính tốc độ trung bình của xe trong suốt thời gian chạy, chúng ta cần tính tổng quãng đường xe đã đi và tổng thời gian xe đã chạy.

1. **Thời gian và quãng đường trong 2 giờ đầu**:
- Thời gian: 2 giờ
- Tốc độ: 40 km/h
- Quãng đường: \( D_1 = 40 \, \text{km/h} \times 2 \, \text{h} = 80 \, \text{km} \)

2. **Thời gian và quãng đường trong 3 giờ tiếp theo**:
- Thời gian: 3 giờ
- Tốc độ: 25 km/h
- Quãng đường: \( D_2 = 25 \, \text{km/h} \times 3 \, \text{h} = 75 \, \text{km} \)

3. **Tổng quãng đường**:
\[
D_{tổng} = D_1 + D_2 = 80 \, \text{km} + 75 \, \text{km} = 155 \, \text{km}
\]

4. **Tổng thời gian**:
\[
T_{tổng} = 2 \, \text{h} + 3 \, \text{h} = 5 \, \text{h}
\]

5. **Tốc độ trung bình**:
Tốc độ trung bình \( V_{tb} \) được tính bằng công thức:
\[
V_{tb} = \frac{D_{tổng}}{T_{tổng}} = \frac{155 \, \text{km}}{5 \, \text{h}} = 31 \, \text{km/h}
\]

Do đó, tốc độ trung bình của xe trong suốt thời gian chạy là **31 km/h**.

Vậy đáp án là **B. 31 km/h**.