Tỷ lệ kiểu hình 9:3:3:1 thường xảy ra trong phép lai di truyền đa hình (di truyền hai tính trạng) giữa hai cá thể thuần chủng khác nhau về hai cặp gen.

Để có tỷ lệ 9:3:3:1, kiểu gen của các bố mẹ thường là:

- **P1**: AaBb (thuần chủng cho hai tính trạng)
- **P2**: AaBb

Trong đó:
- A và a là hai alen của gen thứ nhất.
- B và b là hai alen của gen thứ hai.

Từ đó, kiểu gen của phép lai là AaBb x AaBb, dẫn đến các kiểu hình với tỷ lệ 9:3:3:1.