Trong ống tiêu hóa, cơ quan chủ yếu thực hiện quá trình biến đổi thức ăn về mặt hóa học là dạ dày và ruột non.

1. **Dạ dày**: Khi thức ăn xuống dạ dày, nó được trộn lẫn với dịch vị có chứa axit clohydric và enzym pepsin. Axit này giúp tiêu diệt vi khuẩn có hại và tạo điều kiện cho enzym tiêu hóa protein hoạt động. Chính vì vậy, quá trình tiêu hóa hóa học bắt đầu ngay từ đây.

2. **Ruột non**: Đây là nơi diễn ra phần lớn quá trình tiêu hóa hóa học. Các enzym được tiết ra từ tuyến tụy (như amylase, lipase, protease) cùng với dịch mật từ gan làm phân hủy các chất dinh dưỡng như carbohydrate, protein và lipid thành các đơn vị nhỏ hơn (glucose, amino acid, fatty acid) để cơ thể dễ dàng hấp thụ.

Vì vậy, dạ dày và ruột non là hai cơ quan quan trọng nhất cho quá trình biến đổi hóa học thức ăn. Ruột non đặc biệt nổi bật vì đây là nơi hầu hết các chất dinh dưỡng được hấp thụ vào máu để cung cấp cho cơ thể.